1996.
A Magyar Államkincstár 1996. január 1-jén kezdte meg működését. A Kincstár központjának székhelye akkor az UNESCO világörökséghez tartozó Alpári Ignác által tervezett épület volt a Váci utca 1. szám alatt. A 100 éves neoklasszicista palota érdekes módon az egykori Pesti Hazai Első Takarékpénztári Egyesület székháza is volt. Az induláskor a Kincstár központi szervezete az elnök irányítása alá tartozó főosztályokból és osztályokból, valamint öt igazgatóságból állt és 300 fős létszámmal látta el feladatait. Az Államadósság Kezelő Központ (ÁKK) 1996. április 1-jén integrálódott a Kincstár szervezetébe mint jogi személyiséggel rendelkező, részjogkörű, részben önállóan gazdálkodó költségvetési szerv, melynek felügyeletét a Kincstár elnöke látta el. A Kincstár fiókhálózata 1996. július 1-jével alakult meg 18 megyében.
1997.
A Kincstár 1997. január 1-jével teljes egészében átvette az MNB fiókhálózatát munkatársaival együtt, mely bázison megkezdődött a kincstári ügyfelek számlavezetésével, értékpapír-forgalmazásával és a pénztárszolgálattal kapcsolatos feladatok ellátása. Ekkor a dolgozói létszáma 950 főre emelkedett. Ebben az évben vezették be a kincstári biztos intézményét, amely segítséget nyújt a költségvetési szervek számára a felhalmozódott tartozásállományok megszüntetéséhez és a további tartozások létrejöttének megakadályozásához.
1998.
A Kincstár ettől az évtől kezdve devizaszámlákat vezet a nemzetközi megállapodásokon alapuló, a magyar állam és a kincstári ügyfelek részére beérkező külföldi pénzeszközök fogadására, pénzügyi lebonyolítására.
1999.
Április 1-jétől pénzügyminiszteri döntés alapján a Kincstárba integrálódott az önállóan működő Támogatásokat és Járadékokat Kezelő Szervezet (TJKSZ) részben önállóan gazdálkodó költségvetési szervként. Ugyanezen évben a Kincstár szervezetén belül létrehozták az Európai Unióhoz kötődő PHARE program végrehajtását szolgáló szervezetet.
2000.
A 2000-es év elején a kormány a közpénzek átlátható és hatékony felhasználásának érdekében az államháztartás pénzügyi rendszerének továbbfejlesztéséről döntött. A profiltisztítás eredményeként a Kincstárhoz kerültek azok a feladatok és tevékenységek, amelyek a költségvetési gazdálkodás szerves részét képezték, de addig szétaprózottan különböző szervezetekben látták el.
2001.
Az Országgyűlés döntése értelmében a kincstári szervezet több lépésben három önálló szervezetté alakult át:
- 2001. március 1-jén megalakult az Államadósság Kezelő Központ Rt. mint tartós állami tulajdonban működő, egyszemélyes részvénytársaság. A későbbiekben Zrt.-vé alakuló szervezet a központi alrendszer finanszírozásával és az államadósság kezelésével foglalkozik.
- 2001. október 1-jével kezdte meg működését, és látta el feladatait az Államháztartási Hivatal (továbbiakban: ÁHH), mint önálló jogi személyiséggel rendelkező, országos hatáskörű, önállóan gazdálkodó központi költségvetési szerv. Az ÁHH alapvetően a költségvetés végrehajtásával, az előirányzatok és kötelezettségvállalások nyilvántartásával, bizonyos ellenőrzési feladatokkal, illetve bérszámfejtéssel foglalkozott. Az előző évi kormánydöntés eredményeként 2001-ben a Kincstárhoz került át az APEH-SZTADI (Adó- és Pénzügyi Ellenőrzési Hivatal Számítástechnikai és Adóelszámolási Intézete) költségvetési és adóinformáció-feldolgozási feladatokkal foglalkozó részlege, amellyel tovább erősödött a Kincstár költségvetési és informatikai területe. Ugyancsak ebben az évben feladatbővülést jelentett a Kincstár számára az Országos Egészségbiztosítási Pénztár és/vagy Országos Nyugdíjfolyósító Igazgatóság által lebonyolított családtámogatási ellátások átvétele, amit a központ irányításával a megyei Családtámogatási Irodák láttak el egészen 2015-ig, amikor a kormányhivatalok vették át ezt a tevékenységet. Az kincstári intézményi kör teljes létszáma közel 4000 fővel növekedett, és erősödött a területi finanszírozás kontrollja.
2002.
Az Államháztartási Hivatal 2002. január 1-től a feladatait országos hálózat útján látta el. A korábbi Területi Államháztartási és Közigazgatási Információs Szolgálatok, azaz a TÁKISZ, a Belügyminisztérium, majd Pénzügyminisztérium felügyelete alól az ÁHH megyei szervezeteivé alakultak át, így – a profiltisztítás után – pénzügyi és költségvetési feladatokat láttak el. 2002. január 1-jén az ÁKK Rt. és az ÁHH kiválása után még megmaradt kincstári szervezet részvénytársasággá alakult. Az így létrejött Magyar Államkincstár Rt. a magyar állam tulajdonában álló egyszemélyes részvénytársaságként működött tovább. Feladatai - a Magyar Nemzeti Bank számlavezetéssel és pályázatokkal foglalkozó megyei részlegeire támaszkodva - főleg a számlavezetésre, kifizetésekre, valamint a költségvetés végrehajtása likviditási feltételeinek teljesítésére összpontosultak. További kiemelt feladata volt a lakossági állampapír-forgalmazás. 2002-ben az ÁHH tevékenysége új feladatcsoporttal bővült. Az ÁHH feladatává vált a helyi önkormányzatok és a nem állami humán szervezetek költségvetési támogatása igénylésének és elszámolásának felülvizsgálata, amely később kiegészült helyszíni vizsgálattal is. A feladat – központi koordinációval – a megyei igazgatóságok Államháztartási Irodáihoz került. Ugyancsak ebben az évben valósult meg a központosított illetményszámfejtő rendszer országos bevezetése (KIR).
2003.
Június 30-án az országgyűlés döntése következtében a Magyar Államkincstár Rt. jogutód nélkül megszűnt. Feladatait és munkavállalóit az Államháztartási Hivatal vette át, amely intézmény megnevezése egyúttal ismét Magyar Államkincstárra változott. Az újraegyesítés megkerülhetetlen tényezővé tette a Magyar Államkincstárat és annak megyei kiterjesztésű hálózatát. A költségvetési források döntő többségének folyósítása a Kincstár hatáskörébe került, amely óriási hatásköri koncentrációval és felelősséggel járt. A Kormány a Pénzügyminiszterrel és a Magyar Nemzeti Bankkal egyetértésben az újra egységes Magyar Államkincstár székhelyéül a Budapest V. kerület Hold utca 4. alatt található, Lechner Ödön által tervezett, Budapest egyik legszebb szecessziós épületét jelölte ki. Az új központ elhelyezésének érdekessége, hogy az épület korábban a részben kincstári jogelődöknek tekinthető Magyar Királyi Postatakarékpénztár, majd a Magyar Nemzeti Bank székháza volt.
2005.
A további racionalizálás jegyében a fővárosi és a Pest megyei területi igazgatóságot összevonták.
2007.
A kincstári feladatellátás további racionalizálásaként az addig megyei tagozódásban működő területi igazgatóságok régiós szintre való koncentrációja ment végbe és április 1-jével kezdődően megalakultak a Regionális Igazgatóságok.
2008.
A Kincstár az állampapír-forgalmazás területén bevezette az elektronikus ügyintézést biztosító WebKincstár és TeleKincstár szolgáltatást.
2009.
Január 1-jétől az Államháztartási Irodák nem állami humán fenntartók finanszírozásával kapcsolatos feladatait a régióközpontok, az ellenőrzési feladatokat pedig továbbra is a megyék látták el.
2010.
A 2010-es a kormányváltást követően a dekoncentrált megyei és járási szintű feladatszervezés kapott hangsúlyt, így ismételten fókuszba került a Kincstár feladatellátásának áttekintése és átszervezése.
2010-ben bevezették a Költségvetési Felügyelet intézményét, amely két korábbi rendszer egyesítése révén jött létre: a kincstári biztosok főként az költségvetési intézmények adósságára figyeltek, a fejezetekhez kirendelt kincstárnokok pedig a közpénzek hatékony költését és a szabályszerű gazdálkodást tartották szem előtt. A rendszer működtetése, a munkáltatói jogok gyakorlása közvetlenül a Magyar Államkincstár Elnökéhez delegált feladat, szakmai irányítását a törvény szerint az államháztartásért felelős miniszter végzi. A felügyelők tevékenységének célja, hogy a közérdek mindenkori érvényesülése mellett segítsék a Kormány gazdaságpolitikájának és fiskális politikájának végrehajtását, a takarékos, szabályszerű, költségvetési politikával összhangban történő gazdálkodást. A működésnek fontos szerepe van a költségvetési rend szerint gazdálkodók és a kormányzat közötti információk áramlásában is. A költségvetési felügyelők feladata a gazdálkodással kapcsolatos belső szabályzatok, a gazdálkodással összefüggő intézkedések, valamint a kötelezettségvállalásra irányuló eljárások előzetes véleményezése. A felügyelő ezen kívül kifogással élhet, illetve felfüggesztheti az indokolatlannak ítélt kötelezettségvállalásokat. A magyar rendszer a több évtizedes francia modell alapján jött létre. Tapasztalataink azt támasztják alá, hogy már önmagában a költségvetési felügyelő költségvetési szervhez való kirendelése is elősegíti az intézmények szabályszerű gazdálkodását. 11 éves működése során a felügyelők több mint 100 költségvetési intézménynél, nonprofit társaságnál voltak jelen, többezer milliárd forintnyi közpénz felett gyakorolva kontrollt. Kiemelt szakmai siker, hogy a három nagy középirányító szervnél – Klebelsberg Központ, Országos Kórházi Főigazgatóság, Szociális és Gyermekvédelmi Főigazgatóság – is dolgoznak felügyelők. A 2019-es évben a felügyelői rendszer két minisztérium felügyeleti feladatainak ellátásával is bővült. A Belügyminisztériumhoz és a Honvédelmi Minisztériumhoz kirendelt költségvetési felügyelők a Pénzügyminisztérium közvetlen szakmai irányításával látják el feladataikat.
2011.
Január 1-jétől a Kincstár területi szervei a korábbi regionális megjelenés helyett ismételten megyei szinten látják el a feladatokat.
2012.
Áprilisban a Kincstár megalapította a KINCSINFO Kincstári Informatikai Nonprofit Korlátolt Felelősségű Társaságot (KINCSINFO), nem jövedelemszerzésre irányuló, egyszemélyes nonprofit korlátolt felelősségű társaságként a Kincstár informatikai rendszerének üzemeltetésével, illetve fejlesztésével kapcsolatos feladatok ellátására. A KINCSINFO megalapításának célja volt, hogy a kormányzati szektoron belüli fejlesztéseket költségtakarékosan és magas szakmai színvonalon lássa el, megfelelő árszínvonalon versenyképes tudást és „szolgáltatást” biztosítson a kormányzat és a Kincstár számára, elősegítve ezzel a Kincstár feladatainak hatékony ellátását. Elindult az uniós finanszírozású integrált családtámogatási rendszer, a TÉBA. A Kincstár fogadó oldalon sikeresen csatlakozott a GIRO Zrt. által üzemeltetett InterGiro2 napközbeni többszöri elszámolás-forgalmi rendszerhez (IG2), így 2012. július 2-ától valamennyi IG2 rendszerből beérkező tranzakciót a pénzforgalmi szolgáltatóktól kapott, bővített adattartalommal fogadja és feldolgozza. 2012 októberétől kizárólag a Kincstárban lehet Start értékpapírszámlát nyitni. Elindult az okostelefon-alkalmazáson (MobilKincstár) keresztüli állampapír-forgalmazási rendszer.